Каждый подмодуль имеет свой pom.xml Их можно объединить одним parent pom.xml.
parent pom.xml:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<project ...>
<artifactId>jdcs</artifactId>
...
<modules>
<module>net</module>
<module>gui</module>
<module>handler</module>
</modules>
...
В подмодулях можно сослаться на parent и указать зависимости от других подмодулей:
<project ...>
<artifactId>gui</artifactId>
...
<parent>
<groupId>com.jdcs</groupId>
<artifactId>jdcs</artifactId>
<version>0.0.1</version>
</parent>
<dependencies>
<dependency>
<groupId>com.jdcs.net</groupId>
<artifactId>net</artifactId>
<version>${project.version}</version>
</dependency>
....
</dependencies>
...