Для начала нужно стянуть изменения на сервер, например с помощью команды:
git pull
Это нужно выполнить именно на сервере в папке проекта.
Далее все зависит от того каким способом задеплоено (
https://docs.djangoproject.com/en/1.8/howto/deploy...
Если wsgi, то после того как новый код залит на сервер нужно еще обновить файл wsgi, при помощи команды touch:
touch /my/project/path/wsgi.py
Как вариант, если не известно каким именно способом задеплоена Django, то можно просто перезапустить веб сервер, будь то nginx или apache.