Вроде как нашел ответ на вопрос. Дописал 2 строки в robots:
Disallow: */page/*
Disallow: *?*
Первый оператор закрывает от индексации все страницы, в которых есть "page". Второй - все страницы с "?". "page" появляется в url только если перейти на вторую страницу товаров в любой категории, а "?" только если выбран какой-то фильтр товара. И то и другое (по идеи) - дубли.
Проверил в Яндекс вебмастере. Вроде все ок.