Tan__Y

У этого метода есть второй параметр — с какого индекса вести поиск. Так что можно сделать функцию:

function getListIdx(str, substr) {
  let listIdx = []
  let lastIndex = -1
  while ((lastIndex = str.indexOf(substr, lastIndex + 1)) !== -1) {
    listIdx.push(lastIndex)
  }
  return listIdx
}
getListIdx('abc bca abcabc cba', 'abc') // [ 0, 8, 11 ]