Дмитрий

Надо правит шаблоны. Желательно не править системные шаблоны, а склонировать и на их основе делать свои.

Диск отсох. Разбирайтесь почему это произошло

У датацентров бывает услуга ip-kvm. Конечно лучше заранее подготовить сервер перед отправкой.

Скорее всего какие-либо кодеки не ставятся или drm, а flash не причём.

scp или winscp (если с винды)

Пробрасывать iscsi таргет через внешние каналы плохая затея - диск будет постоянно отваливаться по тайм-аут при малейших задержках на канале. Ваша же проблема, скорее всего, в том что на разных площадках у вас одна и та же подсеть. Соединение не уходит на роутер, так как адрес назначения из локальной подсети.

проблемы с диском

Из установленной скорее всего не получится. Лучше воспользоваться unattended install и скриптами для конфигурации.

Любая кластерная фс. Или же старый добрый rsync, если не нужна кластерная фс.

Xfce или cinnamon

Потому что по умолчанию в 18.04 используется ufw.

;listen = 127.0.0.1:9000
;listen = /run/php/php7.2-fpm.sock

PHP не слушает ничего

По умолчанию пользователь и так ограничен на записью только домашним каталогом. Если нужно что бы он не могу читать ничего дальше домашнего каталога - есть chroot.

Если устанавливали на lvm, то достаточно просто перераспределить место, если на обычные разделы - то нетривиально и проще переустановить.

Увеличиваем том, на котором лежит /var
Увеличиваем файловую систему под /var
Радуемся...