В центре администрирования exchange есть пункт миграция. Там создается нужная миграция и ей скармливается файл с именами пользователей и паролями.
Формат файла csv
EmailAddress,UserName,Password
Аналогичным образом можно пакетом создать пользователей
User Name,First Name,Last Name,Display Name,Job Title,Department,Office Number,Office Phone,Mobile Phone,Fax,Address,City,State or Province,ZIP or Postal Code,Country or Region
Важный нюанс. В документации при переводе на русский, файлы тоже переводятся, такие файлы работать не будут. Шапки должны быть на английском.
При настройке можно использовать небольшой хак. Настраивая exchange online домен указываете mx с низким приоритетом по отношению к mx яндекса. Плюс дополнительно в sfp запись вносите данные exchange online. Так у вас будет работать новая почта и старая параллельно. Т.е. письма будут приходить на яндекс, отправляться с обоих серверов, после прихода писем на яндекс они через некоторое время будут синхронизироваться указанным выше пакетом миграции( он после переноса данных не останавливается, а продолжает подкачивать новые ). После чего, когда со всеми вопросами разобрались, меняете приоритеты mx записей.
