Ну так у вас используется плагин smoothState.js для перехода по страницам без перезагрузки страницы. В блоке #page-transitions находится контентая часть, которая уникальная для каждой страницы, поэтому она подружатся динамически. Остальное не меняется, а значит скрипт заново не выполняется (можете посмотреть в F12, кусок со скриптом не меняется при переключении страниц).
Попробуйте засунуть скрипт в блок #page-transitions тогда он будет выполняться.
