В отдаленном светлом будущем скорее всего у нас будут псевдоэлементы
::spelling-error и
::grammar-error, мы будем из CSS переопределять стандартное подчеркивание. На данный момент вот так просто из CSS ничего сделать не получится.
куда копать
В девелоперской версии Хрома есть
chrome.automation API, в котором по идее с помощью метода
getTree() можно получить некое дерево, похожее на DOM, но на самом деле им не являющееся, и опять же по идее в нем должны быть элементы типа
AutomationNode для слов, которые содержат ошибки, и у них есть некоторые свойства вроде цвета и подчеркивания. Сам я этим никогда не пользовался, но интуиция подсказывает, что стоит копать в эту сторону.
P.S.: Если вам нужно решение для сайта "здесь и сейчас", то думаю лучше будет совсем отключить проверку орфографии со стороны браузера и вместо нее вставить кастомную, в сети есть готовые решения.