1) Важнее отсутствие заголовков с точки зрения структурированной информации, чем с точки зрения валидатора. Валидатору, кстати, без разницы есть у вас h1 и h2 или нет. Если речь не про section и article, да и то это будут уведомления, а не ошибки.
2) и 3) мусор в коде - больше вес страницы, больше времени на загрузку -> минус. Но валидатор снова не при чем.
4) браузер криво отобразит сайт - посетители уйдут - поведенческий фактор -> минус.
Сам фактор валидности сам по себе не играет важной роли. Но если взять два идентичных сайта (в вакууме), то валидный выиграет.