Лучший способ будет инициализировать вью контроллер не через сторибоард, а в методе
- (BOOL)application:(UIApplication *)application
didFinishLaunchingWithOptions:(NSDictionary *)launchOptions
Контроллер можете вытащить из сторибоарда, либо сделать два разных сторибоарда, один для экранов входа/регистрации, а второй для самого приложения. В таком случае главный сторибоард первый, но в случае если нет пользовательских данных, используете второй.