SunHere

То что вирус встраивается в файл - это лишь последствия, причина в наличии дыр через которые до бесконечности будут закачиваться новые вирусные файлы.

Никакие плагины не помогут вам найти вирусы со 100% уверенностью, что говорит Ai-bolit пропускает вирусные файлы. Только комбинированный подход с проверками по базам и полу ручная проверка даёт хороший результат

1. Сайтов на хостинге несколько?
2. Может плагин какие скачивали левые.
3. Версия вордпресса последняя 4.8 ?
4. Вы пишите что тема ваша собственная, тогда она врядли будет источником заражения( но вирусам ничто не мешает записать вирусный код в тему рабочую)

Скажем так, это даже не вирус, а безобидная вставка своей ссылки от распространителей бесплатных шаблонов (бесплатный сыр бывает сами знаете где). Антивирус может и не видеть такого даже.
Я бы советовал внимательно изучить файлы темы, в особенности footer.php
Если не получится, то надо тогда внимательно всё изучать. https://kwork.ru/configuration/8190/udalyu-levie-v... - можете воспользоваться услугами по удалению такой нечести

У вас при входе на сайт пишет: "Вредоносное ПО" - это сообщение показывает гугл. так как конкрентно под этим доменным именем были замечены вирусы.
От того что вы перенесли файлы и базу данных на другой домен - ничего не поменяется, то есть конечно, 2-3 недели всё будет ок, потом ГУГЛ проиндексирует на новом домене, заметит там вирусную активность, и повторится всё как в старь.
https://kwork.ru/user/bysel - если вдруг чего, пишите, помогу с проблемой

С большей вероятностью вирусы во всех папках всех сайтов, сколько раз удалял и чистил вирусы заказчикам, ну ни разу такого не было, чтобы только в одной папке что-то лежало.
Исключение - только пару хостингов, где файлы сайтов изолированы друг от друга и дальше своего домена вирусня подняться не может.
https://kwork.ru/user/bysel - если вдруг чего, пишите)

Сталкивался с таким ) могу помочь за $