На Java действительно можно писать всякое, но имхо большая часть кода написанного на Java — это Enterprise Web. Соответственно если вы хотите изучить Java just for fun — выбирайте то, что нравится. Если же хотите зарабатывать на этом деньги — то Java EE и прочее что с этим связано.
