szQocks, и что? ))
Когда вы пытаетесь обратиться ко свойству объекта, JS ищет его в самом объекте, а если не находит, роется в свойстве __proto__, если и там нет, то в свойстве __proto__ свойства __proto__, пока не доберется до дна. С какой стати ему копаться в prototype, которое есть только у функций?
Здесь для инстанса rabbit ничего не происходит. С этого момента rabbit.__proto__ и Rabbit.prototype ссылаются на разные объекты.
Для того, чтобы достичь желаемого, сделайте:
delete Rabbit.prototype.eats;
Объекты передаются по ссылке, примитивы - по значению.