Смотря что Вы хотите продемонстрировать:
Если умение программировать на PHP, скилл web-разработчика, то наличие в портфолио опенсорсного движка для магазина (или чего угодно, в общем-то), качество кода и UX которого характеризует ваш скилл в этом деле определённо не помешает. При этом совсем уж чистый PHP использовать не обязательно: посмотрите актуальные фрэймворки (Laravel, Symfony, Kohana, Yii, Zend, Nette, etc) и сделайте выбор между одним из них или голым PHP/велосипедом по критерию "в каком случае реализацующий мою задумку код будет наиболее читаем, расширяем, надёжен и производителен" (в особо простых случаях фрэймворк - это overkill, в большинстве более-менее сложных - лучше с фрэймворком).
Если умение делать и поддерживать интернет-магазины - то реализованные проекты на общепринятых e-commerce CMS (PrestaShop, OpenCart, Magento, osCommerce/ZenCart, и т.п.) думаю будут в портфолио ценнее.
