вообщем всем спасибо, я сам покопавшись все же нашел правильный ответ тут:
solvedstack.com/questions/iphone-safari-web-app-op...
как и хотел - простой JS-скприпт в head-блоке превращает все ссылки в аяксовские
<script>(function(a,b,c){if(c in b&&b[c]){var d,e=a.location,f=/^(a|html)$/i;a.addEventListener("click",function(a){d=a.target;while(!f.test(d.nodeName))d=d.parentNode;"href"in d&&(d.href.indexOf("http")||~d.href.indexOf(e.host))&&(a.preventDefault(),e.href=d.href)},!1)}})(document,window.navigator,"standalone")</script>
PS.
сразу дальше возникла проблема, поэтому я добавлю ее решение тут для тех кто будет искать, несмотря на то что это выходит на рамки основного вопроса:
чтобы белую полоску убрать у веб-приложения на ios снизу
stackoverflow.com/questions/25884806/ios-8-web-app... 