Судя по всему дело в кодировке. Точнее в collation.
В mysql вы использовали какой-то из вариантов case independent collation. например utf8_general_ci, который по умолчанию задается при выборе utf8.
Если вы будете использовать функцию lower, то, наверное, индекс не сработает.
Может вы ошиблись при настройке кодировки для базы?