Тут момент в том, как передаются данные... если из формы через post , тогда все будет работать корректно:
<form action="" method="post">
<textarea name="mytext" class="tinymce"></textarea>
</form>
Если передаете по другому, например через ajax, то брать значение нужно не прямо из поля ( $("textarea.tynymce").val() ) - там будет пусто, а из самого редактора: как нибудь так tinymce.activeEditor.getContent() или tinymce.get('textarea.tinymce').getContent()