Никогда не видел, чтобы инклуды или рекьюеры тормозили выполнение скриптов... по крайней мере, чтобы это хотя бы было заметно глазу. Хотя, конечно, вероятно, будет какое-то замедление, т.к. операция же выполняется (открытие файла, его чтение и т.д.), но врядли значительное.