Была похожая задача. За несколько лет в шарах скопилось МОРЕ мусора. На новом сервере создал новые пустые шары с правами. Через руководство обязал в течение 2 недель переместить (не скопировать, а переместить) на новые шары только нужные файлы. Через 2 недели закрыл старые шары, "остатки" поместил в архив. Объем шар снизился чуть не вдвое - с 2Т до 1,2Т. Про "остатки" раз в 2-3 месяца кто-то вспоминает - достаем ему файл из архива.
Или выйти в ночь - назвать новый сервер как старый, прицепить к нему старый диск, прописать шары. Утром никто разницы не заметит. Права сохранятся.
