Timur Atabaev, squid будет работать (в основном) только для сайтов. Все что не умеет прокси на уровне протоколов или настроек утилит работать через http-proxy не будет.
VegasChickiChicki, тут не скажу - смотря что требуется. Если эта папка по факту - отдельный проект - просто submodule add (см. статью). Если не отдельный, а просто папка - я бы добавил ее как папку и закомитил.