Если я всё понял, то через position: absolute
И при открытии прописываете
$(".my_modal").css("top", $(document).scrollTop()+"px");
Ну еще добавите отступ от верха экрана.
Тогда модальное окно появится в месте, где Вы его вызвали, а при прокрутке останется там же.
https://jsfiddle.net/2x1qmg9q/