Обычно так бывает на winpe, когда некоторых библиотек не хватает для создания загрузочной флешки (без понятия каких)
Там используются другой алгоритм создания флешки, вроде в 2 этапа
Еще граб
Короче так себе метод
Достаточно было накатить образ с помощью ultra iso, думаю с ней проблем бы не было