Можно WCF использовать. Транспорт настраивается в конфиге и никак не пересекается с логикой.
А что насчет использовать SOA? Например JSON-RPC. Создавай вебсервисы и принимай авторизационные параметры и отдавай ответы. Если конечно я правильно понял твой вопрос. :)