Подкрутите в пассажире, чтобы максиум один инстанс на приложение был, ну и пул на 100 инстансев. Если приложение будут использовать более-менее похожий набор гемов то расход оперативы в пассажире будет не такой уж и большой на каждое из них. То есть память занимаемая рельсами должна шарится между инстансами.
Деплоить все это лушче всего капистрано.
Мне кажется, что вы пытаетесь сделать 1 клиент = один кастомизированный вариант приложения. В таком случае лучше задайте себе вопрос как вы будите поддерживать все приложения?