Плюсы такого решения - третья сторона (сторонний агрегатор) ваши конфиденциальные данные + не нужно платить им комиссию, минусы - судя по вопросам их безопасность Вы вряд ли обеспечите + если не использовать агрегаторы совсем, то придется подключать каждую платежную систему самостоятельно, например, получать максимальный аттестат для webmoney\яд, что не так-то просто.
По поводу реализации: возьмите описание к любому популярному агрегатору - оно содержит ответы на большинство возникших вопросов - просто сделайте по аналогии.