Добрый вечер. Суть вопроса описана выше. На yandex сообщения приходят.
Использую выделенный сервер. На сервере установлен ISP Lite, благодаря которому и работает весь софт. Связка nginx+php-fpm.
// $user->email - почтовый адрес пользователя
mail($user->email, $title, $message,
"MIME-Version: 1.0\r\n"
."Content-type: text/html; charset=utf-8\r\n"
."X-Mailer: PHP/" . phpversion());