не надо ничего на страницу выходить, весь смысл хдебага как раз в этом, если прям удержу нет как хочется, то попробуй лучше что-то в духе www.firephp.org
если тест статичный и структура плоская, то можно обойтись без модели. естественно в контроллере вызывается несколько моделей - как минимум аутентификация/авторизация пользователей. Используй наследование - размести общий для всех котроллеров код в базовом контроллере и наследуй от него. обычно получается так - базовый контроллер -> контроллер с аутентификаций -> контроллеры админки, базовый контроллер -> котроллеры фронта
если нет возможности увеличить время работы скрипта, сделайте задачу для планировщика - в cli скрипт по времени не ограничен или если это возможно запускайте генерацию через js/ajax (по 1 файлу)
что подразумевается под ф..менеджером? класс или gui вроде то что предложил Vitaliy K ? ну и по поводу налету тоже расскажи - просмотр списка файлов дело не сложное, другой вопрос если ты хочешь производитить какие-то сложные манипуляции.
зачем городить кучу соединений когда можно просто менять url в опциях? по поводу получения списка страниц - while цикл работаеющий пока сервер не вернет код 404.
вначале читай описание протоколо soap, потом php библиотеки soap. Можно использовать её в чистом виде, но лучше через обертку вроде https://docs.laminas.dev/laminas-soap/