Verolomstvo, потому что зачастую там расположены основные ссылки сайта, например, в магазина там располагается список категорий товаров. вообще подобный код встречается в документации к html5 и поэтому я дефакто использую аналогичный подход.
Антон Тихомиров, в большинстве случаев ide либо парсят phpdoc метода либо отслеживают переменные в памяти. в 7ке появилась возможность задать более жесткую типизацию, в старых версиях это можно сделать хаком.
Антон Тихомиров, а что собственно Вас удивляет в рефакторинге PHP кода? Базовые функции для рефакторинга (авто геттеры\сеттеры, дробление классов, ослабление связей) реализованы в крупных ide, (zend studio, phpstorm).
как организовать цикл в шаблоне написано в документации к шаблонизатору, как организовать цикл средставами jquery написано в доках к jquery, я могу подсказать по ошибкам, но писать за тебя не стану.
Либо можно воспользоваться php шаблонизатором https://github.com/fenom-template/fenom и возвращаться ajax'ом уже сгенерированный html.
Вообще стоит почитать про MVC для общего понимания.