Какой-то поток сознания.
1. VDI не равно "RDP функционалом на Windows Server-ах" - VDI это VMWare Horizon или MS VDI.
2. За изменения в критической инфраструктуре нужно идти к специалистам, а не на тостер.
3. Для дополнительной авторизации и защиты RDP соединений есть официальная роль RDP Gateway, возможно линукс машины с двумя ногами (слава богу хоть не с одной) и не нужны.
4. Для "Ну допустим установил я эту программу на винду, могу ли я ее как - то расшарить через веб.браузер" есть официальные же RemoteAPP и RDS-Web из состава Windows Server Terminal Services.
