Ваш подход мне в принципе не нравится. Я бы подумал что с сериализацией переменной перед сохранением. Вдруг в переменной передастся что то типа:“ '; rmdir(../..);”
Скрипт 1
Проверили базу с необработанными айдишниками, если пусто: Получили айдишники -> записали их в базу.
Скрипт 2
В идеале нужен отдельный скрипт который по кронтабу например каждую минуту постоянно запускается, базы берёт айдишники по одному, обрабатывает их и удаляет.
Причём нужно делать через транзакции.
Скрипт 1 тоже можно по расписанию запускать если необходимо.
Если задача не постоянная, а периодическая - можно обойтись без кронтаба, обновляя страницу ручками или накидать js скрипт в этой странице.