Описанное вами — это развитие реляционной модели в сетевую… в mysql как я знаю средств для этого нет, в postgresql есть поддержка массивов, только производительность не ля всех случаев оптимальна.
Ваша задача лучше всего решается все таки сериализацией. Проблема обновления данных при расширении функционала не на столько критична чтобы только на основании этого отказываться от сериализации.
Так же не стоит закрывать глаза штатную реализацию списков второй таблицей M-1.
И конечно же никто не мешает совместить оба подхода (хранить данные в 2 таблицах и кешировать дополнительными полями в главной, например информация о количестве элементов в списке, значение первого элемента,..)