ShamblerR

Насколько я понимаю дубли какраз из за фильтров на сайте которые генерят гет запросы тем самым дублируя сущьности.
В таком случае перепишите фильтр чтоб он автоматически докидывал риал каноникал и все.

Только тут наоборот как у нормальных людей слеш в конце. Но это я думаю уже переделаешь по аналогии.

############################################################################
#### Cтандартный .htaccess для проектов студии Клондайк, версия 2.3     ####
############################################################################
RewriteEngine On
   #  Директива включает редиректы.
RewriteBase / 
   # Без директивы (.*) = /$1 будет /var/wwww/site/web/$1  с директивой  = /$1
Options +FollowSymLinks
   # Разрешает переход по символическим ссылкам.

############################################################################
#### Перенаправляем протокол https на http                              ####
############################################################################
RewriteCond %{HTTPS} on
   # Проверяем наличие https в URL.
RewriteRule ^.*$ http://%{SERVER_NAME}%{REQUEST_URI}
   # Перенаправляем протокол на http.

############################################################################
#### Выбор основного зеркала (или с www или без www)                    ####
############################################################################
   # 1. Редирект с www на без www. (раскоментировать директивы пункта 1)
#RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*) [NC]
   # Проверяем, содержит ли домен www (в начале URL).
#RewriteRule ^(.*)$ http://%1/$1 [R=301,L]
   # Перенаправляем URL на домен без www.
####
   # 2. Редирект без www на www. (раскоментировать директивы пункта 2)
#RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.(.*) [NC]
   # Проверяем, не содержит ли домен www (в начале URL).
#RewriteRule ^(.*)$ http://www.%{HTTP_HOST}/$1 [R=301,L]
   # Перенаправляем URL на домен c www.

############################################################################
#### Убираем повторяющиеся слеши (/) в URL                              ####
############################################################################
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^(.*)/{2,}(.*)$
   # Проверяем, повторяется ли слеш (//) более двух раз.
RewriteRule . %1/%2 [R=301,L]
   # Исключаем все лишние слеши.

############################################################################
#### Убираем слеши в конце URL для статических файлов (содержит точку)  ####
############################################################################
RewriteCond %{REQUEST_URI} \..+$  
   # Если файл содержит точку.
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d   
   # И это не директория.
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f
   # Является файлом.
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^(.+)/$      
   # И в конце URL есть слеш.
RewriteRule ^(.+)/$ /$1 [R=301,L]     
   # Исключить слеш.

############################################################################
#### Добавляем слеш(/), если его нет, и это не файл.                    ####
############################################################################
RewriteCond %{REQUEST_URI} !(.*)/$
   # Если слеша в конце нет.
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
   # Не является файлом.
RewriteCond %{REQUEST_URI} !\..+$
   # В URL нет точки (файл).
RewriteRule ^(.*)$ $1/ [L,R=301]
   # Добавляем слеш в конце.

############################################################################
#### Убираем index.php, если он есть в конце URL                        ####
############################################################################
RewriteCond %{REQUEST_METHOD} =GET
   # Выявляем GET запрос в URL (не POST).
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^(.*)/index\.php$
   # URL cодержит index.php в конце.
RewriteRule ^(.*)$ %1/ [R=301,L]
   # Удалить index.php из URL.

############################################################################
#### Конец общей части, далее следует собственные директивы .htaccess   ####
############################################################################

Давайте расставим все на свои места.
nginx+apache двухуровневая конфигурация:

nginx+php-fpm - маст хев но одноуровневая конфа отличная скорость работы, за исключением отдельного балансера для статики. Есть ряд плюсов относительно FastCGI например нет гемороя с 503 поскольку является модулем самого nginx и последний легко видит умерший процесс. Требуется переписать весь .htaccess в servers nginx

nginx в роле фронтенда и apache+fast-CGI +opcache в роле бэкэнда
Практически класика, но opcache рекомендованно использовать с php5.5, ниже идет как расширение.

уже милион раз показывал
1. вам нужно не только удалять лишние слеши но и удалять их вовсе если в конце файл и тд и тп
я тут все подробно расписал
klondike-studio.ru/standarts/standartnyy-htaccess

странно вообще то, обычно или следят за двойными страницами или нет,но частично???? это зачем
Теперь смотри
1. не везде можно добавить / например его нельзя добавить к html файлу так что нужно еще правило следящее за такой фигней
2. если тебе нужен просто слеш после домена так поставь его в куда /куда и все
3. Если тебе нужно на определеном уровне сработку скажем на 3 то следовательно и пропиши в условие
4. Если тебе нужно избавитсья от дублей то

############################################################################
#### Убираем повторяющиеся слеши (/) в URL                              ####
############################################################################
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^(.*)/{2,}(.*)$
   # Проверяем, повторяется ли слеш (//) более двух раз.
RewriteRule . %1/%2 [R=301,L]
   # Исключаем все лишние слеши.

############################################################################
#### Убираем слеши в конце URL для статических файлов (содержит точку)  ####
############################################################################
RewriteCond %{REQUEST_URI} \..+$  
   # Если файл содержит точку.
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d   
   # И это не директория.
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f
   # Является файлом.
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^(.+)/$      
   # И в конце URL есть слеш.
RewriteRule ^(.+)/$ /$1 [R=301,L]     
   # Исключить слеш.

############################################################################
#### Добавляем слеш(/), если его нет, и это не файл.                    ####
############################################################################
RewriteCond %{REQUEST_URI} !(.*)/$
   # Если слеша в конце нет.
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
   # Не является файлом.
RewriteCond %{REQUEST_URI} !\..+$
   # В URL нет точки (файл).
RewriteRule ^(.*)$ $1/ [L,R=301]
   # Добавляем слеш в конце.

quintagroup.com/services/support/tutorials/mysql-linux

RewriteCond %{REQUEST_URI} ^(.*)/special/(.*)$
RewriteRule ^(.*)$ %1/special/inde.x.php/%2 [R=301,L]