В нужную папку из темповой файлы почему то перемещаются с правами рута.
Судя по всему, вы заливаете их под рутом. Используйте chown или
suid. Или настройте себе FTP, работающий под этим же пользователем. Или suphp. Варианты разные есть.
Но пожалуйста...
Как изменить пользователя, от которого будут сохраняться файлы?
Не ставьте исполнение PHP/Apache от root.