Ключи, KMS, записи в реестре и прочая программная заморочка для нормальных проверок филькина грамота. Сколько раз уже писали, идут в бухгалтерию смотрят сколько на балансе компов, поднимают сколько приобретено лицензий сводят дебит/ кредит и готово - дорога дальняя, казенный дом.
Если у Вас например 10 бухгалтеров, а 1С приобретена только одна, или 100 проектировщиков и только 2 купленных Аutocad то уверяю что чистый реестр не поможет! Есть бумага - значит лицензионная, нет значить пиратка.

Слишком общий вопрос! Все сразу не изучите. От компании к компании слишком большой разброс. "Зоопарк" 1С, Linux, Wndows + MS office, самописные программы и т.д. т.д. Сильно зависит от профиля компании провайдер одно, например торговли, финансы совсем другое. Но ИМХО - сетевые технологии, Linux, SQl точно не помешают особенно если будете повышать свой навык от техподдержки до сисадмина/девопса. Если Вы уже устроились (как пишите) начните с низшей позиции, желательно посоветуйтесь с коллегами