Может быть при сборке/разборке повредился один из проводков, идущих от кулера на мат. плату? Вот и получается: есть контакт - кулер работает, пропадает - он останавливается. А, может, как писали выше, и сам кулер накрылся. В любом случае лучше заменить, чем пытаться отремонтировать.
