Сергей Ковалёв

При работе с файловыми базами вам требуется только пользовательский ключ.
При работе с SQL версией базы помимо пользовательских ключей, должен быть еще и ключ кластера 1С Предприятия, поскольку теперь работа с базами идёт через него.

1C сервер может работать с несколькими SQL серверами одновременно.

1. Все верно.
2. Базу переносите либо средствами SQL через выгрузку в .bak, либо через 1С через выгрузку через .dt. Прямое копирование баз с одного SQL сервера на другой средствами SQL делать не стоит.
3. Прописывате новую информационную базу в 1С Предприятии с указанием нового SQL сервера.
4. Легкое управление списками баз 1С для окончательного решения вопросов по прописыванию списков пользователям.

Элементарную стабильность сети можно проверить с помощью команды:
ping 1cserver -t -l 2048
Если идут пропадания пингов, то оборудование не справляется, ну или пачкорды криво обжаты.
Еще проблемы с физикой можно попытаться выловить поискав события в разделе Система - EventID 22 или 27 от службы сети в оснастке Event Viewier, это событие обычно выражается фразой "Network link is disconnected."

В противном случае проблема скорее всего софтовая.