Sergei2325

Позицианировать через absolute. Выпадающее меню и кнопку вызывающую это меню поместить внутрь одного блока.
Вам необходимо все унифицировать. У вас много дублирования кода.
Каждой кнопке клик на которую изменяет стиль текста можно добавить класс js-control и добавить data-атрибуты
data-property - название свойства которое будет меняться и data-value - значение которое будет подставляться.
Т.е. вы находите все элементы с классом js-control, вешаете на них один обработчик клика, после клика определяется свойство которое должно меняться (property = data-propety) и значение которое необходимо поменять (value = data-value) и применить их
textContent.style[property] = value;

Вы в tr() и td() каждый раз создаёте новую таблицу, а не строку/столбец.

function tr(){
texta.value += '<table><tbody>'; // Один раз создаёте таблицу
    for(let i = 0; i<table1.value;i++){
	texta.value += '<tr>';
    td(); /* Вызов td() должен быть тут, внутри строки, и нигде больше */
  texta.value += '</tr>';
    
//    texta.value += `<table><tbody><tr><td style = "width:${table4.value}px;height:${table3.value}px;border:${table5.value}px ${tableselect.value} ${colorselect.value}"</td></tr>`
    }
}

function td(){
    for(let i = 0; i<table2.value;i++){
    texta.value += '<td style = "width:${table4.value}px;height:${table3.value}px;border:${table5.value}px ${tableselect.value} ${colorselect.value}"</td>';
  
 //       texta.value +=  `<table><tbody><tr><td style = "width:${table4.value}px;height:${table3.value}px;border:${table5.value}px ${tableselect.value} ${colorselect.value}"</td></tr>`

    }
}

1. Не setAttribute("class", "buttonDelete"); а classList.add("buttonDelete");
   
2. Вставлять элемент в документ (tr.appendChild(button2)) нужно в самую последнюю очередь, то есть после изменения содержимого button2.innerHTML = 'Delete');
   
3. У вас проблема в том, что в buttonDelete хранится список всех кнопок которые были на момент вызова querySelector. Это не динамическая величина. Вызвали querySelector, он вернул все кнопки которые были на странице в данный момент. Логично, что новые кнопки в этой выборке отсутствуют. Чтобы решить проблему вам нужно:
   
   1. Вынести всю логику для удаления в отдельную функцию, назовём её removeCallback.
      
   2. Добавлять слушателя событий отдельно для каждой кнопки в момент её создания:

      button2.addEventListener('click', removeCallback)
      tr.appendChild(button2)

      
      
   
   
   

В таблицах ширина колонок настраивается автоматически в зависимости от контента.
Т.е. если в одной ячейке слово "привет", а в другой "синхрофазатрон" - то привет явно короче, значит и колонка с ним будет уже.

Чтобы избежать автоматической настройки, указывайте ширину колонок вручную (в пикселях или в процентах).