Не убирайте родные gitignore они очень удобные, vendor тем более не должен быть в контроле версии, только файлы composer. К слову о composer, на рабочей машине после pull должен идти composer install(не update) и yii migrate, в таком случае версии ваших пакетов и пакетов на рабочей будут одинаковыми, как и бд.
В работе с командой всё так-же, при изменении vendor одним из участников, другие должны сделать composer install и yii migrate.
При первом pull ручками yii init и ручками правим конфиги под свою среду.
