SQLite это локальная база данных, и вашем примере Electron это десктопное приложение которое использует SQLite для хранения данных на том же устройстве где и приложение.
Для таких целей используют nvm (Node Version Manager)
Если вы под Windows, то попробуйте https://github.com/coreybutler/nvm-windows
Версию под Windows я сам не пробовал, но я думаю всё должно работать.
Закон о cookies
Сделайте плашку запрашивающее разрешение на сохранение cookies.
Если пользователь разрешит - создайте куку в которой будет это указано, и в зависимости от наличии этой куки присылайте или не присылайте куки с сервера.
Скорее всего вам придётся откатится на Ubuntu 14.04
PHP 5.4 уже не поддерживается, и поставить его его на 16.04 без костылей и велосипедов не получится.