Если на сервере используется lvm то лок транзакций на сервере бд, проверка что текущие транзакции завершились, сделать lv снапшот, убрать лок, перенести данные куда нужно паралельно сжимая их и не забывать подчищать снапшоты чтобы ио не проседал в итоге.
xtrabackup если начинать использовать то сразу на перконовский стек переходить, но нужно учитывать все особенности работы форка в виде плюшек — инкременты, более быстрый бекап/откат
