Ставьте последний ubuntu 14.04 server, там samba4 4.1.6 ( не альфа, как в предыдущем LTS), это дает:
1. начиная с 4.1 самба умеет Server-Side_Copy -
wiki.samba.org/index.php/Server-Side_Copy , что на быстродействии отразится очень неплохо.
2. btrfs как ФС + samba 4.1 еще даст прирост производительности.
3. поднимайте на samba4 AD домен и управляйте вашим парком политиками.