Александр Аксентьев

mistupid.com/internet/chmod.htm

https://chmod-calculator.com/

VestaCP

банальный find . -delete

да, пару строк баша и в крон

Удалять при достижении N% заполненности
https://stackoverflow.com/a/5912404/1603055

FILESYSTEM=/dev/sda1 # or whatever filesystem to monitor
CAPACITY=95 # delete if FS is over 95% of usage 
CACHEDIR=/home/user/lotsa_cache_files/

# Proceed if filesystem capacity is over than the value of CAPACITY (using df POSIX syntax)
# using [ instead of [[ for better error handling.
if [ $(df -P $FILESYSTEM | awk '{ gsub("%",""); capacity = $5 }; END { print capacity }') -gt $CAPACITY ]
then
    # lets do some secure removal (if $CACHEDIR is empty or is not a directory find will exit
    # with error which is quite safe for missruns.):
    find "$CACHEDIR" --maxdepth 1 --type f -exec rm -f {} \;
    # remove "maxdepth and type" if you want to do a recursive removal of files and dirs
    find "$CACHEDIR" -exec rm -f {} \;
fi

Удалять самые старые файлы
https://superuser.com/a/1003638

DIR=/tmp
FREESPACE=1000000
find $DIR -type f | xargs ls -1rt | while read f ; do
  if [ `df --output=avail $DIR | tail -1` -ge $FREESPACE ] ; then
    break
  fi
  # rm -f $f
done

Вместе там слепите как-нибудь сами уже

Ну так за что вы их убили, не посмотрели сначала где они находятся?

Ищите теперь xmrig на сервере и убивайте. Правда раз его залили, то искать дыру надо на сайте каком-нибудь или пароль от сервере менять на нормальный. Просто удаление ничего не даст, ровно так же зальют обратно.

И как вообще удалять вирусы на удаленном сервере? Выкачивать себе что ли?

шта?

Вы просто умеете гуглить лучше других?

надо просто уметь гуглить, а не лучше/хуже, большинство вопрошающих просто этого не делает вообще.
Читать ошибки еще полезно. Часть вопросов из разряда "вылезает ошибка что делать" решаются прочтением ошибки(которую автор вопроса тоже предоставляет в своём же вопросе, но при этом не читал), потому что в ошибке как правило пишется что именно не так как ни странно.

Или опыт полученный тем-же гуглением своих проблем?

гугл и многолетний опыт работы над разными задачами. Причем второй пункт опять же достигается с помощью первого.

Вопрос к последним, откуда все эти знания?

из гугла, что-то запоминается постепенно, что-то проще загуглить каждый раз(на самом деле каждый раз проще загуглить и скопипастить конфиг/код/название софта).

тру-линуксоидами и компьютерщиками

Если в контексте программирования - то учишься ставить и настраивать окружение для работы своего софта/сайта/скрипта с помощью гугла и опять же опыт работы над разными задачами которые так или иначе сводятся к настройке того или иного софта на сервера. На выходе вполне себе можешь поставить всё что угодно и заодно выучишь плюс минус что и как делается в линуксах.

Если в контексте "просто сисадминства", то наверно кроме реального опыта работы с разными проектами с четкими инструкциями по набору софта никак не получить эти знания.
Потому как вряд ли в реальной жизни кому-то надо просто так поставить сервер и настроить на нём базы/nginxы/php-fpmы и прочее что может работать на сервере.

iptables -A INPUT -p tcp -m tcp -m multiport ! --dports 25565 -j DROP

перед тем как добавите это правило, вспомните что вы подключены к серверу по ssh через 22 порт.
Сайт возможно работает на 80/443.
А фтп для доступа к сайту на 21, если он есть.

https://www.ubuntu.com/download/server

-t TASKS run TASKS number of connects in parallel (per host, default: 16)