C z-index все в норме, вы сверстали как сверстали и это ваша воля, но если используете фреймворки стоит учитывать их особенности. Классы модалей в Bootstrap несут свои z-index, которые будут нарушаться, если нарушать z-index у родительских элементов. Переносите код модалей (место вставки кода) ниже, в самый корень body (например после page-wrapper, минимум) и все будет хорошо.