селекторы кнопок вперед/назад тоже нужно сделать уникальными для каждого слайдера, лучше по id, то есть nextButton: '.slider1 .swiper-button-next' и тд
вам в верстке надо совместно со slider-container дописать свои классы, условно да, slider1...2...3 и использовать свои классы в вызовах слайдеров, но slider-container в верстке не убирайте, на нем стандартные стили висят от этого плагина. В таком случае, да, родительские классы будут не обязательны.
посмотрел, понял, что за проблема... wiredep не использует синтаксис build:css /path - этот функционал он приводит на примере работы gulp-useref, а он у вас не подключен... смотрите уроки внимательнее
можно еще дать position:relative + отрицательный отступ, но надежно это сработает только для верхней границы, нижний край придется исправлять таким же способом, но для следующего блока. Я рекомендую на абсолюте делать, так удобнее
