В более-менее продвинутых текстовых редакторах (Akelpad, Sublime text, Notepad++ и т.п.) обычно можно выбирать символ конца строки.
А по поводу генерации текстового файла средствами PHP - смотря как именно туда записываете конец строки. Если константой PHP_EOL - то будет на линуксе LF, на винде CRLF. А если вручную ставить символы конца строки - то какие запишете, те и будут.
Сделать раздел с виндой логическим (полагаю, это раздел ACER). Windows 7 умеет с логического грузиться, только что проверил.
Да, и раздел линукса тоже можно логическим сделать.
В gparted нельзя поменять тип созданного раздела, но это можно сделать в проприетарных редакторах раздела диска, к примеру, Minitool Partition Wizard (бесплатен для некоммерческого использования)
