SagePtr

В случае с папкой - если есть аттрибут x, но нет аттрибута r, вы не можете прочитать содержимое папки, но при этом можете работать с файлами в ней - читать и писать (при наличии прав), обращаясь к файлам по именам. Если нет аттрибута x, то вы не можете получить доступ к папке или к вложенным в неё файлам/папкам никак, вне зависимости от их аттрибутов.

С серверов, которые прописаны в файле /etc/apt/sources.list (это касается тех систем, где в качестве менеджера пакетов используется apt или производные от него, у других - другой файл с конфигурацией)

Да, они попали под раздачу, как и множество других легальных и полезных ресурсов

Да, через вебхук (если работаете с репозиторием напрямую через SSH, и вебхуки нет возможности использовать - то дёргаете внутри обычного хука нужный вам URL через wget или curl и получится самодельный вебхук, но без пейлоада)

Внутри truecrypt-контейнера) может быть, я излишне параноидален

wget -i твой_файл_со_списком.txt