Stanislav Tarasenko

Исходя из даты вопроса предположу, что уже не актуально, но вдруг кому понадовится...

Что мешает сделать condition в связе?

'company'=>array(self::HAS_MANY, 'Company', 'company_id', 
'group' => 'company_id',
'having' => 'COUNT(company_id) > 0',
'condition'=>'is_active=1');

Пример кода на котором я тестировал:

SELECT seller_id, COUNT(seller_id) FROM vsellers_categories GROUP BY seller_id HAVING COUNT(seller_id) > 0;