Есть такая вещь как очередь задач, и есть библиотека Gearman, для php в том числе. То есть просто демон крутится в системе постоянно (как сервис/служба, например также как апач или mysql server) и как только приходит задача он её выполняет (точнее отправляет на обработчик/воркер). На каждый тип задачи можно вешать обработчики и передавать данные в них. Можно настраивать потоки, например выполнять по очереди одну задачу за другой. Вот пример использования php.net/manual/ru/gearman.examples-reverse-bg.php

И никакого крона не нужно)

Вот еще хороший пример:
ruhighload.com/index.php/2010/07/09/gearman-%D0%B8...

1) Вы хотите писать в базу содержимое файлов - Я нерекомендую писать файлы в базу данных, так как это дополнительные расходы (тем более в одно поле). Если это прямо-таки необходимо сделать, то создаете поле типа LONGTEXT, и туда пишете содержимое. (Возможно его надо будет обработать BASE64 функциями и через запятую писать)

2) Вы хотите просто сохранить в базу названия файлов - Тогда я думаю JSON самое-то, тоже LONGTEXT поле, (если Ваш сервер MySQL поддерживает тип поля JSON - то его и следует использовать, https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/json.html ).
Из базы/в базу пишете используя json_decode/json_encode, php.net/manual/ru/function.json-decode.php