все есть :)
те же deb rpm и иже с ними есть аналог msi (точнее наоборот :) сколь знаю в msi аккурат и слизали систему пакетов линухи)
пример выкладывания в виде отдельного пакета
rclone
exe -установщики есть и много, к примеру
https://makeself.io
пример самоустанавливающегося исполняемого файла под линуху смотри в
virtualbox ссылка All distributions
просто это неудобно и топорно :)
гораздо эффективнее сформировать репозиторий в формате соответствующей системы, который можно подключить и автоматически устанавливать все обновления ПО в родном менеджере пакетов.
пример стороннего репозитория для разных менеджеров смотри в
nginx. при этом вся доставка автоматизирована и подписана ключами команды nginx - левак не проскочит.
а вот систему сторонних репозиториев некрософтеры так и не стырили, а зря.
многие поступают более хитро, установленный с оф.сайта deb пакет chrome установит в систему ссылку на репозиторий гугла и ключ подписи в систему. и последующие обновления менеджер будет брать с репозитория гугла.
в *никсе все привыкли к репозиториям - они удобнее и на порядок защищеннее скачиваний exe-шников инсталяков. потому отдельных exe-шников практически нет - они не нужны.