Rsa97

Для начала посмотрите в Диспетчере устройств, видны ли все ключи. Если нет, то, как написал VoidVolker, надо экспериментировать с железом. Если видны все, но подписи на них не читаются, то смотрите ограничение в панели управления Рутокен.
https://forum.rutoken.ru/topic/1784/

Загляните в /dev/serial/by-id/, там симлинки лежат.
Сделайте ls -l /dev/serial/by-id/.

Обратиться к разработчику программы за заменой ключа.